第一种解释：

清朝同治年间，河南侠士张汶祥与安微团练副使马新贻及武师曹二虎、石锦标四人结拜为兄弟。曹二虎之妻生得美貌动人，老大马新贻表面上是个白面书生，实质上是好色之徒。他借机请曹二虎出差，在外地派人暗杀了曹二虎，霸占了二虎的妻子。石锦标、张汶祥得知后怒火万丈，拟为义弟报仇。风声传到马新贻耳中，意欲借故捕杀。于是张汶祥、石锦标二人连夜逃往他乡。张汶祥辗转逃来湖州府德清县新市镇，投奔十年前来新市谋生的河南同乡光腚朋友钟琰，而石锦标则潜居海宁县硖石镇，二人伺机为曹二虎报仇。经钟琰介绍，张汶祥结识了觉海寺武僧潮音大师。潮音大师亦是河南人，自幼出家在河南登封县少室山少林寺，学得一身好武艺，尤其擅长飞刀，百步击人百发百中。张汶祥恳请潮音大师收他为徒，大师见他侠义豪爽，破例教他苦练飞刀术，并在驾仙桥堍的铁匠铺定铸一对柳叶飞刀赠张汶祥。从此，在潮音大师悉心指教下，张汶祥天天在觉海禅寺七宝池旁苦练飞刀技术。

此时，马新贻已经升任两江总督(江苏、浙江二省最高军政长官)，住在南京。石锦标将这一消息告诉了张汶祥。此后张汶祥两次潜往南京总督衙门，察看行刺线路，半年后张汶祥的飞刀术已能与潮音大师相媲美，达到了炉火纯青之地步。

同治七年秋，张汶祥怀揣飞刀，告别潮音大师，从新市觉海寺潜往南京。一日，马新贻坐轿自校场阅兵回总督衙门，刚下轿，张汶祥便用在觉海寺练就的飞刀术，将二把锋利的毒汁柳叶飞刀插入马新贻胸口，马新贻当场毙命。后来张汶祥被清廷凌迟处死。这就是晚清四大奇案之一的"张汶祥刺马案"的大概经过。

觉海禅寺仙池旁，旧有一块二尺见方的糙石，据说是张汶祥的磨刀石。1950年上海评话艺术团来新市说唱《张汶祥刺马》时，新市东方书场老板钱再根领着艺人们，到觉海寺实地观看张汶祥的磨刀石。

第二种解释：

太平天国失败后，人们传言曾国藩有野心，其实他的部下早就怂恿他谋取帝位。在与太平军作战时，清廷不得不依重湘军，但是，如今太平军被“荡平”了，她能允许曾国藩在江南坐大吗东南卧着一只虎，她睡觉也不安心。于是她把曾国藩调离江宁，派马新贻任两江总督，迅速裁撤湘军。
江宁是湘军攻下来的，两江一直被湘军视为私地，他们在那里经营了数年，岂能轻易让给马新贻。马新贻几十年来一直没有自己的军队，了然一身来到江宁，如入龙潭虎穴。马新贻被刺，朝廷心中明白，为了不致激起兵变，动摇清王朝的统治，赶紧调曾国藩回莅江宁坐镇。从此，两江总督宝座长期掌握在湘系手中，其他人不敢问津。
太平天国失败后，湘军的劣根性充分暴露出来，他们比土匪还要凶残，明目张胆地肆疾抢掠。清末施行裁勇改兵制度以后，几万湘军士卒被裁撤，其中不乏将领。这些人并不回乡务农，而是到处游荡掳掠。有些人参加了哥老会，有些人本来就是哥老会成员。湘军裁撤扩大了黑势力，散兵游勇又与黑势力结合，成为社会的一大公害。马新贻在惩治散兵游勇时非常严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总管，抓到为害百姓、有非法行为的散兵游勇即就地正法。散兵游勇和黑势力对他恨之入骨。
那个曾给孙衣言透过口风的颜士璋颇有心计，他写了一本《南行日记》，记述了赴宁的全部过程。据他的曾孙颜牧皋说，日记中写道：“刺马案与湘军有关。”“刺马案背后有大人物主使。”
张汶详刺杀马新贻，在警卫森严的督署重地一扑而中。马新贻被刺后，立即有“刺马案”戏文上演，而且正值乡试，安徽学政殷兆镛出试题，竟然寓其讥讽，乔松年也来凑热闹，写了一首歪诗作证，湘军将领给张汶详立碑等等。所有这一切都说明刺马案是一件有计划、有组织的政治谋杀事件。从案件的实施，到舆论的有力配合，以及对审案的精心策划和对结案的精明设计，都说明它出自高人之手。